'96年末、アルバム『アンチクライスト・スーパースター』をリリース。全米初登場第3位に輝いたこの傑作アルバムにより、マリリンの存在感は一層の凄みを増し、翌'97年3月には待望の初来日。'98年9月、4thアルバム『メカニカル・アニマルズ』リリース。全米アルバム・チャート1位を記録。2000年11月にニュー・アルバム『ホーリー・ウッド～イン・ザ・シャドウ・オブ・ザ・ヴァリー・オブ・デス』をリリース。2001年夏には“SUMMER SONIC”にヘッドライナーとして来日。その後音楽の方向性の違いからツイギー・ラミレス（b）が脱退。
そして2003年5月約3年ぶりのニュー・アルバム『ザ・ゴールデン・エイジ・オブ・グロテスク』をリリース。米ビルボード初登場1位というタイトルを見事復活させ、そのカリスマ性をここぞとばかりに爆発させた。2004年夏には初のベスト盤をリリース。アートワークカヴァーは彼自ら書き上げた自画像を前面に押し出しこれぞマンソンというベスト盤を完成させた。その後、ボンテージ・クイーンのディータとの結婚も束の間、破局を迎えたマンソンは何も手が付かないというコメントを残し異色作の"イート・ミー、ドリンク・ミー"を2007年に発表。秋には日本最大のメタル・フェス“LOUD PARK”でヘッドライナーを飾った。そして2009年、旧友であるトゥイギー・ラミレスを再びマンソンに迎え入れ『ザ・ハイ・エンド・オブ・ロウ』をリリース、日本で行われた“V-ROCK FESTIVAL”にヘッドライナーとして出演。そして、2年以上の沈黙を破り新作が期待される中、待望の来日公演が決定！